Estrutura que centraliza a oferta museológica no concelho, o Museu de Lagos agrega vários núcleos e espaços museológicos numa única configuração polinucleada: o Núcleo Dr. José Formosinho (que inclui a Igreja de Santo António), o Centro de Documentação, a Rota da Escravatura – Mercado de Escravos, o Forte Ponta da Bandeira e o Armazém do Espingardeiro (Núcleo Lagos – A Urbe e o seu Tempo). Fazem ainda parte desta entidade a Estação Arqueológica do Monte Molião, a Estação Arqueológica do Balneário Romano da Praia da Luz e as ruínas do Vale da Gafaria/Hospital de Leprosos.

O concelho de Lagos é de uma riqueza histórica, cultural e patrimonial únicas no Algarve e em Portugal, visível nos diferentes espaços que compõem o Museu.